La Institución Educativa Técnica Santa Cruz de Motavita, se creó mediante acuerdo municipal No. 012 de 1989, con el nombre de COLEGIO MUNICIPAL SIMÓN BOLIVAR. El colegio inicia labores en el año 1990, con el grado sexto bajo la dirección del rector encargado licenciado Zagalo Enrique Suárez, con un total de 70 estudiantes distribuidos en dos cursos, de los cuales aprobaron 44: 24 hombres y 20 mujeres, desertores 7: 4 hombres, 3 mujeres.
En el año 1995 mediante el acuerdo municipal N° 005 del 1 de abril, la razón social fue cambiada por COLEGIO MUNICIPAL INTEGRADO SANTA CRUZ DE MOTAVITA. La Institución optó por ofrecer un bachillerato con modalidades CASD, técnico y académico. El Bachillerato Académico con profundización en Ciencias Naturales y Educación Artística y el Bachillerato Técnico con especialidad en Salud y Nutrición y Comercio.
En el año 2002, con motivo de la reorganización del servicio educativo impartida por el Ministerio de Educación Nacional, al Colegio se fusionó la Escuela Urbana, mediante Resolución Departamental No. 00844 del 12 de abril y se le asignó el nombre de ``COLEGIO DE BÁSICA, MEDIA, ACADÉMICA Y TÉCNICA SANTA CRUZ DE MOTAVITA``.
En el año 2005 se autoriza a la Institución Educativa la expedición títulos de Bachillerato Técnico Agropecuario con Especialidad en Cultivos bajo Invernadero y Cría de Especies Menores, mediante Resolución Departamental número 2423.
En el año 2009 se fusionan a la Institución, los Centros Educativos de las veredas de RISTA, CARBONERA y SALVIAL bajo la razón social INSTITUCIÓN EDUCATIVA TÉCNICA SANTA CRUZ DE MOTAVITA, mediante Resolución No. 00025 del 16 de enero.
En el año 2009, la Secretaría de Educación autorizó a la Institución Educativa Técnica Santa Cruz de Motavita, para que adelantara la especialidad en Sistemas, otorgando de esta forma las bases legales para la expedición de títulos de Bachiller Técnico Agropecuario y de Bachiller en Sistemas.
En el año 2011 la Secretaría de Educación suprime la especialidad de Técnico Agropecuario y autoriza el título de técnico en sistemas, además avala la articulación (I.E.S.-I.E.M.) con la U.P.T.C. en el programa Técnico profesional en el mantenimiento de redes y computadores.
En el año 2013, la Secretaría de Educación de Boyacá emite la Resolución número 2711 de fecha 29 de noviembre, mediante la cual autorizó a la Institución Educativa Técnica Santa Cruz de Motavita, para otorgar el título como bachiller Técnico en Sistemas e Informática.
Desde el año 2013 hasta el presente año, la Institución ha graduado un número significativo de bachilleres, de los cuales muchos han accedido a la educación superior. Se ha continuado con el Programa de formación para jóvenes y adultos. Un buen número de egresados demuestran sentido de pertenencia con la Institución y buscan la conformación de la Asociación de Ex-alumnos, en beneficio de la misma. En estos años se han realizado importantes obras de infraestructura como son: la construcción del Restaurante escolar, aula múltiple y biblioteca.
En cuanto a talento humano la secretaría de educación del departamento ha incorporado a la planta de personal de la institución los cargos de Coordinador y Docente Orientador (2019); y ha asignado acompañamiento por parte de docentes de apoyo en inclusión educativa.
En el año 2020 la Institución venía realizando sus actividades en forma presencial hasta el momento en que fue declarada la Pandemia (COVID-19) debido a la situación de salud mundial; a partir del mes de Marzo la I.E se vio obligada a ajustar sus procesos de orientación pedagógica y laboral mediante el trabajo en casa, a través de las redes sociales, sistemas de mensajería virtual, encontrándose la dificultad de la poca o inexistente conectividad especialmente en las zonas rurales.
